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07-04-2020

Le Covid-19 disséqué par des étudiant·e·s en bioinformatique​

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coronavirus
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Sarah Wegmüller est professeure de biologie moléculaire au sein de la filière Technologies du vivant. Dans le contexte que nous connaissons, elle n’a pas hésité à adapter son enseignement en proposant à sa classe de deuxième année un exercice pratique, à distance, sur le coronavirus.

Les étudiant·e·s ont d’abord reçu une petite introduction vidéo sur le virus présentant sa génétique, sa provenance, comment il produit l’infection, etc. Puis, se basant sur un test utilisé par l’Hôpital de Sion pour détecter la présence ou non du virus, les jeunes ingénieur·e·s ont eu trois jours pour trouver un système de test encore plus performant que celui de l’Hôpital. Pour la professeure : « Le but de l’exercice est que les étudiant·e·s acquièrent des connaissances approfondies sur la génétique du virus et qu’ils·elles appliquent leurs compétences en bioinformatique sur un sujet d’actualité. ».

Concrètement, les étudiant·e·s ont dû chercher les séquences* génomiques du SARS-CoV-2** et des séquences similaires d’autres virus. Bon nombre de ces séquences sont d’ores et déjà disponibles sur la toile, grâce aux recherches qui avancent quotidiennement sur le sujet. « Pour exemple, les séquences ADN du coronavirus sont identiques à 96% avec une séquence de la chauve-souris ! » précise Sarah. L’idée est alors de repérer les rares séquences différentes pour ensuite créer le système de détection du virus sur ces distinctions, via des logiciels que les étudiant·e·s ont appris à manipuler.

La professeure reconnaît que le projet est difficile dans la mesure où les étudiant·e·s doivent travailler avec des données brutes et réelles, beaucoup moins « mâchées » que dans les exercices qu’ils ont eu jusqu’à présent. « Mais c’est bien de voir la réalité ! » se réjouit-elle.  

Après trois jours d’exercice pratique, les jeunes vont maintenant décrire leurs résultats et les comparer dans un rapport avec les systèmes utilisés par différents gouvernements mondiaux. Pour le moment, les résultats resteront sur papier car les laboratoires de l’Ecole sont fermés et de toute manière peu adaptés pour des tests réels avec des échantillons de patients malades. « Si la crise dure plus longtemps, cela pourrait être intéressant d’aller plus loin et de tester les nouveaux systèmes dans des laboratoires parfaitement équipés! » conclut Sarah Wegmüller.​

* une séquence biologique est la description de l'enchaînement des éléments qui constituent une macromolécule biologique, acide nucléique ou protéine.
** SARS-CoV-2 est le nom du virus de la maladie Covid-19.